О Проекте:

Комплексная программа проекта предусматривает выполнение современных исследований и разработок мирового уровня по пяти научным направлениям, органично сливающимся в единый научный проект, направленный на решение фундаментальных задач в области изучения белков и пептидов как ключевых компонентов живой клетки, с познанием природы которых связаны революционные прорывы в биологической науке XXI века.

Особое место в программе уделено изучению главной функции белков – катализу биохимических процессов и изучению ферментов как важнейшего класса биорегуляторов (направление «Белки биокаталитических систем»). Второе направление проекта нацелено на изучение рецепторных белков как ключевых компонентов сенсорных систем организма и участников межклеточных сигнальных взаимодействий (направление «Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции»). Фундаментальное изучение молекулярно-клеточных взаимодействий в динамике сделает возможным развитие сложившихся представлений по этой проблеме, сформированных в условиях изучения исключительно статических систем (направление «Белок- и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях»). Особая роль в программе уделена изучению взаимосвязи структуры и функции регуляторных пептидов, в частности, пептидных факторов системы врожденного иммунитета, а также использованию и развитию современных подходов пептидомики для изучения пептидного состава сыворотки и плазмы крови. Получаемая при этом информация открывает перспективы применения пептидов в качестве нового класса молекулярных маркеров для медицинской диагностики (направление «Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета»). Целью еще одного направления проекта («Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы») является выявление мастер-регуляторных генов и белков, ответственных за включение морфогенеза поджелудочной железы в процессах эмбрионального развития человека и канцерогенеза.

Решение перечисленных фундаментальных задач позволит создать наукоёмкую продукцию, в частности, технологии создания лекарственных средств нового поколения, крайне востребованные системой здравоохранения, биотехнологической, биомедицинской и биофармацевтической отраслями экономики и обществом в целом. Будут исследованы возможностей использования мастер-генов в качестве мишеней для диагностики и терапии рака поджелудочной железы. Структурно-функциональное изучение протеаз, связанных с развитием инфекционных и социально-значимых заболеваний, в частности, ВИЧ-протеазы, олигопептидазы В, потенциально значимой в развитии лейшманиоза и чумы, протеазы Сибирской язвы позволит разработать принципиально новые подходы к созданию эффективных терапевтических агентов для борьбы с возбудителями тяжелых инфекционных заболеваний. Детальное изучение механизмов действия защитных белков и пептидов является перспективным как для понимания молекулярных основ функционирования системы врожденного иммунитета, так и для разработки противоинфекционных лекарственных средств нового поколения на их основе. Изучение свойств новых природных белково-пептидных растительных аллергенов и их рекомбинантных, в том числе гипоаллергенных аналогов сформирует фундаментальную основу для создания современных диагностических тест-систем и аллерговакцин, предназначенных для профилактики и лечения аллергических заболеваний. Предлагаемые исследования не только позволят получить принципиально новую информацию о структуре и функциональной роли целого ряда важнейших белково-пептидных систем, но сформируют в ИБХ РАН существенные элементы новой инфраструктуры, в частности, возможностей для получения и анализа генетически измененных, в том числе нокаутных экспериментальных животных. Наличие такой инфраструктуры обеспечит решение фундаментальных задач в области изучения белков и пептидов на мировом уровне.

В ИБХ РАН функционирует Учебно-научный центр, осуществляющий теоретическую и практическую подготовку более 250 студентов и 80 аспирантов ежегодно по лицензированным образовательным программам. Проведение НИР по всем перечисленным направлениям позволит привлечь к участию в исследованиях и разработках большое число студентов, аспирантов, молодых ученых, тем самым обеспечивая не только резкое омоложение кадрового состава ИБХ РАН, но и подготовку кадров высшей квалификации для высокотехнологичных отраслей экономики и социальной сферы.

Результаты:

РЕЦЕПТОРНЫЕ И СИГНАЛЬНЫЕ БЕЛКИ. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ФУНКЦИИ

На основе данных гетероядерной ЯМР-спектроскопии и молекулярного моделирования конформационных перестроек и межмолекулярных взаимодействий описаны молекулярные механизмы активации рецепторов эпидермальных факторов роста (EGFR) и рецепторов факторов роста фибробластов (FGFR3) из организма человека с учетом роли липидного окружения, как одного из главных компонентов самосогласованной сигнальной системы. В рамках разработанного липид-опосредованного механизма передачи сигнала через мембрану клетки предложены альтернативные последовательности структурных перестановок, наблюдаемых при активации рецептора FGFR3 при связывании кислого fgf1 и основного fgf2 лигандов с существенно различными электрическими зарядами.

Продолжены работы по изучению структуры и механизма активации рецепторной тирозинкиназы ИРР, являющейся клеточным рН-сенсором при помощи криоэлектронной микроскопии и малоуглового рентгеновского рассеяния. Определены изменения конформации эктодомена ИРР при повышении рН среды. Параллельно разрабатывается методика экспрессии и выделения полноразмерного таггированного рецептора ИРР для следующего этапа анализа механизма рН-зависимой активации данной тирозинкиназы в нанодисках.

В ходе работы по проекту различными методами подтверждено взаимодействие белка Noggin4 с секретируемым белком - Wnt11. Показано, что данное взаимодействие необходимо для регенерации у модельного объекта - шпорцевой лягушки.

Методом ЯМР проведено исследование структуры рецептора Tfp4.

С использованием данных транскриптомного секвенирования изучены сигнальные каскады, регулируемые белком Ag1 и его роль в раннем развитии мозга и при регенерации. Аналогично, сравнительный анализ масштабного секвенирования транскриптомов почек мышей дикого типа и нокаутных по гену ИРР было использовано для выявления учaстников сигнальных путей данной рецепторной тирозинкиназы. Также изучены сигнальные каскады эндогенного рецептора ИРР в клетках инсулиномы, способных секретировать инсулин.

Подобран оптимальный флуоресцентный рН- чувствительный белок для экспериментов in vivo. Получена конструкция и проводятся эксперименты по получению трансгенных животных, экспрессирующих данный рН-сенсор на поверхности клеток.

МАСТЕР-РЕГУЛЯТОРНЫЕ БЕЛКИ И ГЕНЫ РАЗВИТИЯ И КАНЦЕРОГЕНЕЗА НА ПРИМЕРЕ ПОДЖЕЛУДОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

Исполнители направления выдвинули гипотезу, что ключевые для эмбрионального развития того или иного органа гены, так называемые мастер гены, являются также ключевыми для возникновения и развития раковой опухоли этого органа и последующего возникновения метастазов в других органах. Исследование таких мастер генов, их подавление или активация, могло бы открыть возможность возвращения раковых клеток к нормальному исходному состоянию, или найти связанные с ними другие гены, которые можно использовать как мишени терапевтического воздействия. Исследования этого направления посвящены молекулярно-генетическим особенностям аденокарциномы поджелудочной железы (АПЖ), одной из самых трудно поддающихся лечению опухолей человека. В структуре смертности от онкологических заболеваний АПЖ занимает четвертое место и существует острая потребность в новых подходах к ее терапии. Однако, поджелудочная железа очень сложна по своему строению и, хотя ее изучению и изучению ее патологий посвящены горы научной литературы, пока точно не известны мастер-регулирующие гены и белки, которые являются ключевыми для ее развития и для развития АПЖ и могли бы быть мишенью при терапии. Идентифицирована группа мастер-регуляторов развития поджелудочной железы, которые координированно выключаются в клетки АПЖ.

Исследования проводятся по двум принципиальным направлениям: во-первых, исследуется вопрос, что произойдет с клетками АПЖ, если в них ввести и заставить работать идентифицированные мастер гены, которые выключились при образовании опухоли, и наоборот, что будет, если подавить работу генов которые включились при ее образовании. Для этих целей создаются специальные генетические конструкции, которые при введении в раковую клетку выполняют вышеуказанные задачи, вводят их в раковые клетки и анализируют, как изменяются их различные свойства. До недавних пор все усилия исследователей, стремящихся найти способы лечения рака, были направлены на собственно раковые клетки. Однако, в последние годы стало отчетливо ясно, что раковые клетки успешно развиваются только благодаря своему окружению, так называемой строме. При этом раковые клетки очень пластичны и могут превращаться в компоненты стромы, подвергаясь так называемому эпителиально-мезенхимальномы переходу. Думают, что этот переход важен для способности метастазировать - рассеивать опухоль по организму. В этом переходе также участвуют мастер гены. Мы в нашей работе исследуем способы воздействия на мастер гены, работающие как в раковых, так и в стромальных клетках. Сегодня мы еще далеки от окончательных заключений, но уже ясно, что подавление или, наоборот, активация определенных мастер генов и в раковых клетках, и в строме существенно меняет работу целого ряда других генов, каким то образом влияя на их регуляцию. Мы даже попробовали посмотреть, какие элементы генома ответственны за это изменение и выявили ряд таких регуляторов – энхансеров и промоторов. Полученные результаты создают базу для обоснованного перехода на другой более высокий уровень исследований. Если до этого вся работа выполнялась на клетках, то в настоящее время она развивается на модельных организмах - мышах. При этом анализируются те гены, которые мы идентифицировали на уровне клеток.

ПЕПТИДОМИКА. ПЕПТИДНЫЕ ФАКТОРЫ СИСТЕМЫ ВРОЖДЕННОГО ИММУНИТЕТА

Исследованы цитотоксические свойства аналогов пептида мечехвоста Tachypleus tridentatus, обладающих высокой селективностью антибактериального действия в отношении нормальных клеток человека – астроцитов и фибробластов. Показано, что аналоги TachY8S и TachI11S обладают сравнительно невысокой цитотоксичностью при концентрациях вплоть до 50 мкМ, что позволяет рассматривать их как перспективные соединения для разработки антибиотиков с широким спектром действия.

Исследована способность ряда антимикробных пептидов, относящихся к различным структурным классам (ареницина-2, апидецина 1b, TachI, PRP7(1-22), PRP7(1-16), ChBac3.4, тритрптицина), к ингибированию процесса бактериальной трансляции. Показано отсутствие данного типа активности у ареницина-2, TachI и тритрптицина. Пептид PRP7(1-22), продемонстрировавший высокую эффективность ингибирования рибосомального биосинтеза белка, был подвергнут сканированию аланином, что позволило выявить ключевые аминокислотные остатки, необходимые для осуществления биологической функции пептида.

Получены лабораторные образцы липид-транспортирующих белков гороха посевного Pisum sativum Ps-LTP1, меченного стабильными изотопами 13C, 15N, и амброзии полынолистной Ambrosia artemisiifolia Amb a 6. Для этого были выбраны родительские штаммы E. coli и получены штаммы-продуценты. Проведена оптимизация условий для экспрессии гибридных белков в клетках E. coli. Целевые рекомбинантные 13C,15N-Ps-LTP1 и Amb a 6 были получены с использованием аффинной хроматографии, реакции расщепления гибридных белков бромцианом и ОФ-ВЭЖХ. Полученные 13C,15N-Ps-LTP1 и Amb a 6 были охарактеризованы методами SDS-электрофореза в ПААГ, времяпролётной масс-спектрометрии МАЛДИ, КД-спектроскопии и автоматического N-концевого микросеквенирования по методу Эдмана. Степень включения изотопных меток 13C и 15N в структуру молекулы Ps-LTP1 гороха была установлена методом гетероядерной ЯМР-спектроскопии.

Проведен пептидомный анализ сорного злака – ежовника обыкновенного Echinochloa crusgalli L. Идентифицированы новые молекулы, гомологичные антимикробным пептидам альфа-харпининам с уникальным 4-цистеиновым мотивом, установлены их молекулярные массы и частичные аминокислотные последовательности. Оптимизирована и упрощена методика выделения и очистки комплекса защитных полипептидов из семян ежовника, включающая в себя две основных стадии фракционирования методами жидкостной хроматографии высокого и среднего давления.

Получены количественные данные об усилении антимикробной активности при действии комплекса альфа-харпининов семян ежовника из группы EcAMP, что выражалось в подавлении роста мицелия грибов.

Кровь является соединительной тканью, состав которой изменяется в зависимости от процессов, происходящих в организме. Благодаря своему сравнительно небольшому размеру пептиды легче белков преодолевают клеточные мембраны и эпителиальные барьеры. Среди пептидов, обнаруживаемых в крови, есть как фрагменты секретируемых различными тканями белков, выполняющие свои функции в плазме, так и лиганды рецепторов: гормоны, цитокины и медиаторы клеточного ответа. В небольших количествах в крови могут присутствовать пептидные маркеры различных заболеваний (к примеру, онкомаркеры) и даже чужеродные пептиды, относящиеся к патогенным организмам и инфекционным агентам. Чтобы получить представление о составе пептидома крови в норме, мы провели LC-MS/MS анализ 20 образцов сыворотки и плазмы крови здоровых доноров на масс-спектрометре TripleTOF 5600+. Образцы были подготовлены по ранее разработанным нами протоколам десорбции пептидов с поверхности представленных белков плазмы крови с последующими стадиями хроматографической очистки.

Геномы содержат миллионы коротких (<100 кодонов) открытых рамок чтения (sORF), которые обычно отбрасываются при аннотации генов. Тем не менее, пептиды, кодируемые sORFS, могут играть важную биологическую роль, и их влияние на клеточные процессы недооценено. Функциональный анализ одного из таких пептидов, кодируемого длинной некодирующей РНК, показал, что он участвует в регуляции роста и дифференциации мха. Высокая эволюционная скорость и распространённость sORFs позволяют предположить, что они могут служить резервом потенциально активных пептидов и играть важную роль в эволюции генов. Помимо пептидов, кодируемых sORFs, растительная клетка содержит большое количество фрагментов белков, образующихся при протеолитической деградации, но до сих пор не известно, являются ли эти пептиды побочными продуктами деградации белка или важными биологически активными компонентами клетки. В нашем исследовании мы получили доказательства активной регуляции как внутриклеточными, так и внеклеточными пептидными пулами, влиянии на эти процессы фитогормонов и продемонстрировали биологическую активность ряда пептидов.

БЕЛОК И ГЛИКАН-ОПОСРЕДОВАННЫЕ КЛЕТОЧНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ В ДИНАМИЧЕСКИХ УСЛОВИЯХ

Изучено взаимодействие антител (IgM) к антигену группы крови А, иммобилизованных на SPR-чипе, с А-эритроцитами (которые имеют в своем составе как гликолипиды, так и гликопротеины с А-антигенностью), а также «упрощенными» эритроцитами, содержащими только один из этих компонентов. Первые получали путем встраивания гликолипида GalNAcα1-3(Fucα1-2)Galβ1-4GlcNAc-spacer-DOPE в эритроциты группы крови О, а вторые – путем ковалентного присоединения тетрасахарида к периферическим белкам гликокаликса. Такой подход позволил изучить не только кинетику взаимодействия эритроцитов с поверхностью в динамических условиях, но и перенос гликолипидов с клетки на поверхность.

Проведено молекулярно-динамическое симулирование природного гликолипида Gb3 и его синтетического аналога Pk-DOPE в составе плоского мембранного бислоя и в мицелле, априори имеющей высокую кривизну. Предполагалось, что благодаря кривизне, в мицелле будет более доступным для узнавания естественными анти-Pk антителами внутренняя часть трисахарида, которая принципиальна для узнавания антигена этими антителами (они узнают синтетический аналог, но не взаимодействуют с природным гликолипиом). Эксперимент показал, что внутренний остаток Glcβ в мицеллярных кластерах действительно становится более доступным для растворителя, и, соответственно, для взаимодействия с антителами.

Синтезированы удобные для иммобилизации на SPR-чипе сиалоолигосахариды: Neu5Acα2-6Galβ1-4GlcNAc (рецептор для человеческих вирусов) и Neu5Acα2-3Galβ1-4GlcNAc (рецептор для птичьих вирусов), последний в качестве отрицательного контроля для экспериментов с человеческими вирусами гриппа. Их взаимодействие с сиалорецептором на чипе происходит независимо от скорости потока, более того, оно оказывается необратимым – вирус не удается элюировать с чипа даже в жестких условиях; причина необратимости будет выясняться.

Моделирование углевод-белкового взаимодействия в гликокаликсе клетки проводилось таким образом: в мембрану эритроцитов встраивались синтетические гликолипиды, имеющие в качестве полярной «головы» тетрасахарид GalNAcα1-3(Fucα1-2)Galβ1-4GlcNAc, всего пять вариантов, отличающиеся расстоянием между липидом и гликаном, а также архитектурой гликолипида. Взаимодействие с антителами против данного гликана выявили следующую закономерность: только те варианты, которые не заглублены в гликокаликс, способны связывать антитела (IgG) к гликану, независимо от скорости потока жидкости, в которой находятся антитела, и от времени инкубации.

Проводилось измерение кинетики переноса гликолипида в следующих трёх системах: клетка HUVEC → бактерия; бактерия → клетка HUVEC; бактерия→бактерия. Первый процесс является очень медленным и малоэффективным. Перенос с бактерии на бактерию является самым быстрым. Перенос с клетки млекопитающих на бактерию идет медленнее - заметно проходит уже за минуты, а на максимум выходит за десятки минут. Мы объясняем однонаправленность переноса в системе клетка-бактерия наличием у клетки HUVEC мощного гликокаликса, который «выпускает» наружу гликолипиды в виде отдельных молекул или небольших везикул, но не «впускает» внешние липиды внутрь. В дальнейшем предполагается повторить эксперименты на эритроцитах, у которых толщина гликокаликса на порядок ниже, чем у HUVEC, изучить зависимость процесса переноса от скорости потока одного объекта относительно другого.

Синтетический липид biot-CMG2-DOPE был изучен методами AFM, TEM, динамического светорассеяния и малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР) в сочетании с молекулярно-динамической симуляцией. Оказалось, что на ровной поверхности он формирует монослой, где почти все молекулы имеют одну и ту же стабильную конформацию, в которой полярный фрагмент CMG2 сложен пополам в своей шарнирной средней части, а остаток биотина утоплен в неполярном монослое DOPE. Несмотря на маскированность биотина, монослой без каких-либо затруднений взаимодействовал со стрептавидином. Молекулярно-динамическая симуляция показала, что события «выхода» остатков биотина на поверхность монослоя имеют низкую, но конечную вероятность. Таким образом, процесс взаимодействия монослоя со стрептавидином является белок-индуцированным. По-видимому, аналогичные явления происходят и в природе, на клеточной мембране; изученный нами монослой является удобной экспериментальной системой для их моделирования.

Разрабатывается микрочипный вариант иммуно-ПЦР на основе 3D-технологии ИМБ РАН, с тем расчетом, чтобы можно было отделять от стеклянной основы гелевые микроэлементы и каждый из них подвергать обычной процедуре иммуно-ПЦР в пробирке. При такой постановке чувствительность метода не превышала чувствительности флуоресцентного метода детекции тех же антител без стадии ПЦР (а методически была значительно сложнее). В 2018 г. будет апробирован вариант, основанный на 2D-чипе в сочетании с иной ПЦР-технологией.

БЕЛКИ БИОКАТАЛИТИЧЕСКИХ СИСТЕМ

Биолюминесценция, или способность тысячи видов морских и наземных живых организмов излучать видимый свет, - одно из самых удивительных явлений природы. В рамках выполнения проекта были установлены структуры люциферинов еще двух совершенно новых биолюминесцентных систем – почвенного червя Fridericia heliota и высших грибов. Плюс, развивая данный проект, был установлен точный химический механизм биолюминесценции Fridericia heliota, который, как это ни удивительно, очень схож с механизмом функционирования обычного светлячка. Работы по программе гранта позволили определить структуры ряда природных аналогов люциферина, выделенных из червей, – это приоткрыло завесу на пути к изучению биосинтеза молекулы. Люциферин Fridericia уникален – он нетоксичен, прост в получении, и при этом в отличие от всех остальных люциферинов исключительно стабилен – месяцами может храниться в сухом виде и в растворе.

Одной из главных задач проекта мы считаем создание новых катализаторов на основе существующих ферментов. Таким ферментом, например, является бутирилхолинэстераза. Биологические антидоты на ее основе способны нейтрализовать широкий спектр фосфорорганических токсинов (ФОТ). В рамках проекта РНФ удалось создать новый каталитический антидот. Была создана оптимизированная библиотека генов, содержащая до 1 миллиона различных вариантов фермента. Далее, применяя оригинальную, не имеющую аналогов в мире, технологию поиска биокаталитической активности мы провели отбор только тех вариантов фермента, которые были устойчивы к ингибированию флуоресцентными аналогами пестицида параоксон и боевого отравляющего вещества зомана. Были выбраны варианты фермента, обладающие устойчивостью к ингибированию соответствующими ФОТ, два из них гидролизовали пестицид параоксон. Таким образом, был сделан шаг к созданию эффективных каталитических антидотов на основе БуХЭ против отравлений ФОТ.

В направлении поиска новых ферментов-протеаз терапевтического и биотехнологического назначения был разработан новый метод позитивной селекции протеолитической активности ферментов на поверхности дрожжевых клеток. Метод успешно квалицирован на примере биотехнологического фермента – энтерокиназа.

Изучены иммуногенность и протективность двух рекомбинантных белков, фрагментов IgA1 протеазы N. meningitidis, способных обеспечить защиту животных при заражении менингококками серогрупп А, В и С. В опытах по пассивной защите мышей с использованием сыворотки животных, иммунизированных этими белками, и с помощью адаптивного переноса лимфоцитов этих мышей интактным мышам-реципиентам показана важная роль клеточного и гуморального факторов в формировании иммунитета к менингококку серогруппы В.

Проводятся работы по исследованию мультиферментного каскада превращения D-пентоз в пуриновые нуклеотиды в «одной колбе» с применением рибокиназы, фосфорибозилпирофосфатсинтетазы и аденинфосфорибозилтрансферазы. На основании сравнения со структурами гомологичных белков (APRT термофильного штамма Thermus thermophilus HB8 и Homo sapiens APRT) локализовано положение активного центра фермента и ряда функционально важных аминокислотных остатков.

Список публикаций за 2017 год:

1. Абжалимов И.Р., Зиновьева М.В., Николаев Л.Г., Копанцева М.Р., Копанцев Е.П., Свердлов Е.Д. (Abjalimov I. R., Zinovyeva M. V., Nikolaev L. G., Kopantzeva M. R., Kopantzev E. P., Sverdlov E. D.) Expression of transcription factor genes in cell lines corresponding to different stages of pancreatic cancer progression Doklady Biochemistry and Biophysics (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
2. Акимов С.А., Волынский П.Е., Галимзянов Т.Р., Кузьмин П.И., Павлов К.В., Батищев О.В. (Akimov S.A., Volynsky P.E., Galimzyanov T.R., Kuzmin P.I., Pavlov K.V., Batishchev O.V.) Pore formation in lipid membrane II: Energy landscape under external stress Scientific Reports (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
3. Алам Ф., Ануграхам М., Хуан Е.-Л., Колер Р.С., Винкельбах К., Гретхер Я., Лопес М.Н., Хасбиуллина Н., Бовин Н.В., Шлотербек Г., Якоб Ф. (Alam S., Anugraham M., Huang Y.L., Kohler R.S., Winkelbach K., Grether Y., López M.N., Khasbiullina N., Bovin N.V., Schlotterbeck G., Jacob F.) Altered (neo-) lacto series glycolipid biosynthesis impairs α2-6 sialylation on Nglycoproteins in ovarian cancer cells Scientific Reports (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
4. Байрамов А.В., Ермакова Г.В., Ерошкин Ф.М., Кучерявый А.В., Мартынова Н.Ю., Зарайский А.Г. (Bayramov A.V., Ermakova G.V., Eroshkin F.M., Kucheryavyy A.V., Martynova N.Y., Zaraisky A.G.) Presence of homeobox gene of Anf class in Pacific lamprey Lethenteron camtschaticum confirms the hypothesis about the importance of emergence of Anf genes for the origin of telencephalon in vertebrate evolution RUSSIAN JOURNAL OF DEVELOPMENTAL BIOLOGY (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
5. Белло-Хиль Д., Хасбиуллина Н., Шилова Н., Маньес Р. (Bello-Gil D., Khasbiullina N., Shilova N., Bovin N., Mañez R.) Repertoire of BALB/c Mice Natural Anti-Carbohydrate Antibodies: Mice vs. Humans Difference, and Otherness of Individual Animals Frontiers in Immunology (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
6. Бенедетти Е., Пучич-Бакович М., Кесер Т., Валь А., Хассинен А., Ян Ж.-Е., Лю Л., Овчинникова Т., Бовин Н., Келлокумпу С., Теис Ф.Ж., Лауч Г., Крумзиек Я. (Benedetti E., Pucic-Bakovic M., Keser T., Wahl A., Hassinen A., Yang J.-Y., Liu L., Ovchinnikova T., Bovin N., Kellokumpu S., Theis F.J., Lauc G., Krumsiek J.) Network inference from glycoproteomics data reveals new reactions in the IgG glycosylation pathway Nature Communications (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
7. Бобик Т.В., Костин Н.Н., Кнорре В.Д., Габибов А.Г. и Смирнов И.В. (Bobik TV, Kostin NN, Knorre VD, Gabibov AG and Smirnov I.V.) Получение протеолитических биокатализаторов высокой специфичности с помощью скрининговых технологий (Generation of high specificity proteolytic biocatalysts via screening technologies) Бюллетень экспериментальной биологии и медицины (2018 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
8. Бочаров Е.В., Брагин К.В., Павлов К.В., Бочарова О.В., Минеев К.С., Полянский А.А., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С. (Bocharov E.V., Bragin P.E., Pavlov K.V., Bocharova O.V., Mineev K.S., Polyansky A.A., Volynsky P.E., Efremov R.G., Arseniev A.S.) The Conformation of the Epidermal Growth Factor Receptor Transmembrane Domain Dimer Dynamically Adapts to the Local Membrane Environment BIOCHEMISTRY (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
9. Бочаров Э.В., Шаронов Г.В., Бочарова О.В., Павлов К.В. (Bocharov E.V., Sharonov G.V., Bocharova, O.V., Pavlov K.V.) Conformational transitions and interactions underlying the function of membrane embedded receptor protein kinases BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
10. Виноградова Т.В., Свердлов Е.Д. (Vinogradova T.V., Sverdlov E. D.) PDX1: A unique pancreatic master regulator constantly changes its functions during embryonic development and progression of pancreatic cancer Biochemistry (Moscow) (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
11. Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Михалев И., Доброчаева К.Л., Тузиков А.Б., Корчагина Е.Ю., Обухова П., Рапопорт Е.М., Бовин Н.В. (Volynski P.E., Efremov R.G., Mikhalev I., Dobrochaeva K.L., Tuzikov A.B., Korchagina E.Yu., Obukhova P., Rapoport E.M., Bovin N.V.) Why human anti-Galα1–4Galβ1-4Glc natural antibodies do not recognize the trisaccharide on erythrocyte membrane. Molecular dynamics and immunochemical investigation Molecular Immunology (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
12. Гнатенко Д.А., Копанцев Е.П., Свердлов Е.Д. (Gnatenko D. A., Kopantsev E. P., Sverdlov E. D.) Fibrolast Growth Factors and Pancreas Organogenesis Biochemistry (Moscow), Supplement Series B: Biomedical Chemistry (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
13. Гнатенко Д.А., Копанцев Е.П., Свердлов Е.Д. (Gnatenko D. A., Kopantsev E. P., Sverdlov E. D.) The Role of the Signaling Pathway FGF/FGFR in Pancreatic Cancer Biochemistry (Moscow), Supplement Series B: Biomedical Chemistry (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
14. Гугля Е.Б., Котлобай А.А., Секретова Е.К., Волкова П.В., Ямпольский И.В. (Guglya E.B., Kotlobay A.A., Sekretova E.K., Volkova P.V., Yampolsky I.V.) Возможна ли биолюминесценция у растений? (Bioluminescence: is it possible for a plant?) Вестник РГМУ (Bulletin of RSMU) (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
15. Деев И.Е., Попова Н.В., Серова О.В., Женило С.В., Реголи М., Бертелли Е., Петрено А.Г. (Deyev I.E., Popova, N.V., Serova O.V., Zhenilо S.V., Regoli M., Bertelli E., Petrenko A.G.) Alkaline pH induces IRR-mediated phosphorylation of IRS-1 and actin cytoskeleton remodeling in a pancreatic beta cell line BIOCHIMIE (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
16. Деев И.Е., Шаяхметова Д.М., Женило С.В., Радионов Н.В., Петренко А.Г. (Deyev I.E., Shayahmetova D.M., Zhenilо S.V., Radyonov N.V., Petrenko A.G.) ПРОФИЛЬ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В ПОЧКАХ МЫШЕЙ, НОКАУТНЫХ ПО ГЕНУ insrr (Analysis of the Expression Profile of Genes in the Kidneys of Mice Lacking the insrr Gene) Биоорганическая химия (RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY) (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
17. Дубовский П.В., Дубинный М.А., Волынский П.Е., Пустовалова Я.И., Коншина А.Г., Уткин Я.Н., Арсеньев А.С., Ефремов Р.Г. (Dubovskii P.V., Dubinnyi M.A., Volynsky P.E., Pustovalova Y.E., Konshina A.G., Utkin Y.N., Arseniev A.S., Efremov R.G.) Impact of Membrane Partitioning on the Spatial Structure of an S-type Cobra Cytotoxin Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
18. Захарова М.Ю., Кузнецова А.А., Калиберда Е.Н., Дронина М.А., Колесников А.В., Козырь А.В., Смирнов И.В., Румш Л.Д., Федорова О.С., Кнорре Д.Г., Габибов А.Г., Кузнецов Н.А. (Zakharova M.Yu., Kuznetsova A.A., Kaliberda E.N., Dronina M.A., Kolesnikov A.V., Kozyr A.V., Smirnov I.V., Rumsh L.D., Fedorova O.S., Knorre D.G., Gabibov A.G., Kuznetsov N.A.) Evolution of inhibitor-resistant natural mutant forms of HIV-1 protease probed by pre-steady state kinetic analysis Biochimie (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
19. Зиганшин Р.Х., Рябинин В.В., Азаркин И.В., Иванов В.Т. (Ziganshin R.H., Ryabinin V.V., Azarkin I.V., Ivanov V.T.) Оптимизация условий пептидомного анализа плазмы крови (Optimization of conditions of peptidome analysis of blood plasma) БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ (RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY) (2018 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
20. Зинченко А.А., Котельникова О.В., Гордеева Е.А., Прокопенко Ю.А., Разгуляева О.А., Серова О.В., Мелихова Т.Д., Нокель Е.А., Жигис Л.С., Зуева В.С., Аллилуев А.П., Румш Л.Д. (Zinchenko A.A., Kotelnikova O.V., Gordeeva E.A., Prokopenko Yu.A., Razgulyaeva O.A., Serova O.V., Melikhova T.D., Nokel E.A., Zhigis L.S., Zueva V.S., Alliluev A.P., Rumsh L.D.) Immunogenic and Protective Properties of Neisseria meningitidis IgA1 Protease and of Its Fragments Russian Journal of Bioorganic Chemistry (2018 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
21. Калмыкова С.Д., Арапиди Г.П., Урбан А.C., Осетрова М.С., Иванов В.Т., Говорун В.М. (Kalmykova S.D., Arapidi G.P., Urban A.S., Osetrova M.S., Ivanov V.T., Govorun V.M.) In silico анализ потенциальных биологических функций пептидов (In silico analysis of peptides potential biological functions) БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ (RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY) (2018 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
22. Кашкин К.Н., Чернов И.П., Дидыч Д.А., Свердлов Е.Д. (Kashkin K.N.,Chernov I.P., Didych D.A., Sverdlov E.D.) Construction of a combinatorial library of chimeric tumor-specific promoters BioTechniques (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
23. Кондратьева Л. Г., Чернов И. П., Зиновьева М. В., Копанцев Е. П., Свердлов Е. Д. (Kondratyeva L.G., Chernov I.P., Zinovyeva M.V., Kopantzev E.P., Sverdlov E.D.) Expression of master regulatory genes of embryonic development in pancreatic tumors Doklady Biochemistry and Biophysics (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
24. Кондратьева Л.Г., Дидыч Д.А., Чернов И.П., Копанцев Е.П., Стукачева Е.А., Виноградова Т.В., Свердлов Е.Д. (Kondratyeva L. G., Didych D. A., Chernov I. P., Kopantzev E. P., Stukacheva E. A., Vinogradova T. V., Sverdlov E. D.) Dependence of expression of regulatory master genes of embryonic development in pancreatic cancer cells on the intracellular concentration of the master regulator PDX1 Doklady Biochemistry and Biophysics (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
25. Кондратьева. Л.Г., Кашкин К.Н., Чернов И.П., Стукачева Е.А., Дидыч Д.А., Копанцев Е.П., Свердлов Е.Д. (Kondratyeva L.G., Kashkin K.N., Chernov I.P., Stukacheva E.A., Didych D.A, Kopantzev E.P., Sverdlov E.D.) PCNA: конститутивный промотор человека для экспрессии генов в целях их функционального и генно-терапевтического использования.(PCNA: constitutive human promoter for expression of genes for their function al and therapeutic use) Молекулярная генетика, микробиология и вирусология (Molecular genetics, microbiology and virology) (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
26. Коншина А.Г., Крылов Н.А., Ефремов Р.Г. (Konshina A.G., Krylov N.A., Efremov R.G.) Cardiotoxins: functional role of local conformational changes Journal of Chemical Information and Modeling (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
27. Копанцев Е.П., Гранкина Е.В. Копанцева М. Р., Свердлов Е.Д. (Kopantzev E.P., Grnkina E.V., Kopantzeva M.R., Sverdlov E.D) IGF-I/IGF-IR сигнальная система и рак поджелудочной железы (IGF-I/IGF-IR signalling system and pancreatic cancer) Молекулярная генетика, микробиология и вирусология (Molecular genetics, microbiology and virology) (2017 г.) Направление: Мастер-регуляторные белки и гены развития и канцерогенеза на примере поджелудочной железы
28. Кузьмин Д.В., Емельянова А.А., Калашникова М.Б., Пантелеев П.В., Баландин С.В., Серебровская Е.О., Белогурова-Овчинникова О.Ю., Овчинникова Т.В. (Kuzmin D.V., Emelianova A.A., Kalashnikova M.B., Panteleev P.V., Balandin S.V., Serebrovskaya E.O., Belogurova-Ovchinnikova O.Y., Ovchinnikova T.V.) Comparative in vitro study on cytotoxicity of recombinant β-hairpin peptides CHEMICAL BIOLOGY AND DRUG DESIGN (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
29. Логвина Н.А., Шендер В.О., Арапиди Г.П., Холина Т.Д. (Logvina N.A., Shender V.O., Arapidi G.P., Cholina T.D.) Роль везикулярной передачи межклеточных сигналов в развитии злокачественных новообразований (The role of extracellular vesicles mediating intercellular signal transfer in cancer development) БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ (RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY) (2018 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
30. Людвиг А.-К., Михалак М., Шилова Н., Кальтнер Г., Бовин Н., Копитц Ю., Габиус Х.-Й. (Ludwig A.-K., Michalak M., Shilova N., Kaltner H., Bovin N., Kopitz J., Gabius H.-J.) Studying structural significance of galectin design by playing modular puzzle: homodimer generation for tandem-repeat-type galectin-8 by domain swapping Molecules (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
31. Михайлова А.Г., Ракитина Т.В., Тимофеев В.И., Карлинский Д.М., Корженевский Д.А., Агапова Ю.К., Власкина А.В., Овчинникова М.В., Горленко В.А., Румш Л.Д. (Mikhailova A.G., Rakitina T.V., Timofeev V.I., Karlinsky D.M., Korzhenevskiy D.A., Agapova Y.K., Vlaskina A.V., Ovchinnikova M.V., Gorlenko V.A., Rumsh L.D.) Activity modulation of the oligopeptidase B from Serratia proteamaculans by site-directed mutagenesis of amino acid residues surrounding catalytic triad histidine Biochimie (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
32. Оба Ю., Сузуки Ю., Мартинс Г.Н.Р., Карвалью Р.П., Перейра Т.А., Вальденмаер Г.Е., Кани С., Наито М.,Оливеира А.Г., Дорр Ф.А., Пинто Е., Ямпольский И.В., Стефани С.В. (Oba Y., Suzuki Y., Martins G.N.R., Carvalho R.P., Pereira T.A., Waldenmaier H.E., Kanie S., Naito M., Oliveira A.G., Dörr F.A., Pinto E., Yampolsky I.V., Stevani C.V.) Identification of hispidin as a bioluminescent active compound and its recycling biosynthesis in the luminous fungal fruiting body Photochemical & Photobiological Sciences (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
33. Пантелеев П.В., Баландин С.В., Иванов В.Т., Овчинникова Т.В. (Panteleev P.V., Balandin S.V., Ivanov V.T., Ovchinnikova T.V.) A Therapeutic Potential of Animal β-hairpin Antimicrobial Peptides CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
34. Пахомов А.А., Мартынов В.И., Орса А.Н., Бондаренко А.А., Черткова Р.В., Лукьянов К.А., Петренко А.Г., Деев И.Е. (Pakhomov AA., Martynov V.I., Orsa A.N., Bondarenko A.A., Chertkova R.V., Lukyanov K.A., Petrenko A.G., Deyev I.E.) Fluorescent protein Dendra2 as a ratiometric genetically encoded pH-sensor BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS (2017 г.) Направление: Рецепторные и сигнальные белки. Анализ структуры и функции.
35. Подшивалов Д.Д., Сидоров-Бирюков Д.Д., Тимофеев В.И., Литунов А.А., Костромина М.А., Синицына К.В., Муравьева Т.И., Есипов Р.С. (Podshivalov D.D., Sidorov-Biryukov D.D., Timofeev V.I., Lituniv A.A., Kostromina M.A., Sinitsyna E.V., Muravieva T.I., Esipov R.S.) Моделирование комплекса фосфорибозилпирофосфат синтетазы из T. thermophilus с АТФ и рибозо-5-фосфатом (Modeling of complex of recombinant phosphoribosylpyrophosphate synthetase from Thermus thermophilus HB27 with ATP and riboso-5-phosphate) Кристаллография (Crystallography Reports) (2018 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
36. Рогожин Е.А., Кисиль О.В., Черетаев И.В., Завриев С.К. (Rogozhin E.A., Kisil O.V., Cheretaev I.V., Zavriev S.K.) Характеристика белково-пептидного экстракта семян мари белой Chenopodium album L.: изучение компонентного состава, антимикробных и анальгетических свойств (Characterization of protein and peptide extract from much weed Chenopodium album L.) АНТИБИОТИКИ И ХИМИОТЕРАПИЯ (ANTIBIOTIKI I KHIMIOTERAPIYA) (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
37. Синицына Е.В., Тимофеев В.И., Тузова Е.С., Костромина М.А., Муравьева Т.И., Есипов Р.С., Куранова И.П. (Sinitsyna E.V., Timofeev V.I., Tuzova E.S., Kostromina M.A., Murav’eva T.I., Esipov R.S., Kuranova I.P.) Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of recombinant adenine phosphoribosyltransferase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus strain HB27 Crystallography Reports (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
38. Сычев С.В., Пантелеев П.В., Овчинникова Т.В. (Sychev S. V., Panteleev P. V., Ovchinnikova T. V.) Structural Study of the β-Hairpin Marine Antimicrobial Peptide Arenicin-2 in PC/PG Lipid Bilayers by Fourier Transform Infrared Spectroscopy RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
39. Сычев С.В., Суханов С.В., Пантелеев П.В., Шенкарев З.О., Овчинникова Т.В. (Sychev S.V., Sukhanov S.V., Panteleev P.V., Shenkarev Z.O., Ovchinnikova T.V.) Marine antimicrobial peptide arenicin adopts a monomeric twisted β-hairpin structure and forms low conductivity pores in zwitterionic lipid bilayers BIOPOLYMERS (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
40. Тимофеев В.И., Синицына Е.В., Костромина М.А., Муравьева Т.И., Макаров Д.А., Михеева О.О., Куранова И.П., Есипов Р.С. (Timofeev V.I., Sinitsyna E.V., Kostromina M.A., Muravieva T.I., Makarov D.A., Mikheeva O.O. , Kuranova I.P., Esipov R.S.) Crystal structure of recombinant phosphoribosylpyrophosphate synthetase 2 from Thermus thermophilus HB27 complexed with ADP and sulfate ions Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
41. Тыртыш Т.В., Корчагина Е.Ю., Рыжов И.М., Бовин Н.В. (Tyrtysh T.V., Korchagina E.Yu., Ryzhov I.M., Bovin N.V.) Gram scale synthesis of A (type 2) and B (type 2) blood group tetrasaccharides through 1,6-anhydro-N-acetyl-β-D-glucosamine CARBOHYDRATE RESEARCH (2017 г.) Направление: Белок и гликан-опосредованные клеточные взаимодействия в динамических условиях
42. Фесенко И., Хазигалеева Р., Киров И., Князев А., Глушенко О., Бабалян К., Арапиди Г., Шашкова Т., Бутенко И., Згода В., Ануфриева К., Середина А., Филиппова А., Говорун В. (Fesenko I., Khazigaleeva R., Kirov I., Kniazev A., Glushenko O., Babalyan K., Arapidi G., Shashkova T., Butenko I., Zgoda V., Anufrieva K., Seredina A., Filippova A., Govorun V.) Alternative splicing shapes transcriptome but not proteome diversity in Physcomitrella patens SCIENTIFIC REPORTS (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
43. Чен С., Луи В., Баранов М.С., Балеева Н.С., Ямпольский И.В., Чжу Л., Ванг Ю., Шамир А., Солнцев К.М., Фанг С. (Chen C., Liu W., Baranov M.S., Baleeva N.S., Yampolsky I.V., Zhu L., Wang Y., Shamir A., Solntsev K. M., Fang C.) Unveiling Structural Motions of a Highly Fluorescent Superphotoacid by Locking and Fluorinating the GFP Chromophore in Solution Journal of Physical Chemistry Letters (2017 г.) Направление: Белки биокаталитических систем
44. Шендер В.О., Арапиди Г.П., Шнайдер П.В., Ануфриева К.С., Павлюков М.С., Степанов Г.А., Говорун В.М. (Shender V.O., Arapidi G.P., Shnaider P.V., Anufrieva K.S., Pavlyukov M.S., Stepanov G.A., Govorun V.M.) Роль межклеточной коммуникации впрогрессии онкологических заболеваний (The role of intercellular communication in cancer progression) БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ (RUSSIAN JOURNAL OF BIOORGANIC CHEMISTRY) (2018 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.
45. Шенкарев З.О., Мельникова Д.Н., Финкина Е.И., Суханов С.В., Болдырев И.А., Гизатулина А.К., Минеев К.С., Арсеньев А.С., Овчинникова Т.В. (Shenkarev Z.O., Melnikova D.N., Finkina E.I., Sukhanov S.V., Boldyrev I.A., Gizatullina A.K., Mineev K.S., Arseniev A.S., Ovchinnikova T.V.) Ligand-binding properties of the lentil lipid transfer protein: molecular insight into the possible mechanism of lipid uptake BIOCHEMISTRY (2017 г.) Направление: Пептидомика. Пептидные факторы системы врожденного иммунитета.

Полное описание проекта и список публикаций смотрите на сайте РНФ - http://rscf.ru/prjcard_int?14-50-00131